女性卵巢囊腫可以通過多種檢查手段來確診，主要包括以下幾種：

1. 體格檢查：醫生會通過觸摸腹部來檢查是否有包塊，并評估包塊的大小、位置、活動度以及是否有壓痛感等。

2. 影像學檢查：

B超檢查：特別是盆腔B超，能清晰地觀察囊腫的位置、大小、形態等信息，是檢查卵巢囊腫的首選方法。

CT或MRI：能更準確地鑒別囊腫的性質，包括有無癌變、轉移等異常情況。

3. 腹腔鏡檢查：腹腔鏡能夠直觀地觀察整個盆腔和腹腔，對疑似的組織切片進行診斷，是確診卵巢囊腫的重要手段。

4. 病理性檢查：如果上述檢查不能明確診斷，可能需要進行病理性檢查，如活檢，以明確病變類型。

5. 實驗室檢查：如血液檢查，可以檢測血液中的腫瘤標志物，如CA125、CA19-9等，這些標志物在卵巢囊腫患者中可能會升高。

關于卵巢囊腫是否能自然懷孕的問題，這主要取決于囊腫的大小、類型、癥狀以及女性的整體生殖健康狀況。一般來說，較小的、生理性的卵巢囊腫通常不會對懷孕產生明顯影響，女性仍有很大機會自然受孕并順利妊娠。然而，如果囊腫較大、性質復雜，或者出現一些特殊情況(如扭轉、破裂等)，可能會對懷孕造成一定阻礙。例如，較大的囊腫可能會壓迫卵巢組織，影響卵泡發育和排卵，從而降低受孕概率。

因此，女性有卵巢囊腫后能否懷孕不能一概而論。建議有卵巢囊腫的女性及時就醫，進行詳細的檢查和評估。醫生會根據具體情況提供個性化的建議和治療方案，以幫助女性更好地實現生育愿望或保障身體健康。