除了受精方式和胚胎進(jìn)入宮腔的方式與自然妊娠不同外，輔助妊娠成功后的妊娠過(guò)程與自然妊娠完全相同。因此，體外受精輔助妊娠成功后，與自然妊娠一樣，也可能發(fā)生宮外孕和自然流產(chǎn)，但發(fā)生率不會(huì)高于自然妊娠。

然而，試管嬰兒出生的嬰兒患疾病和畸形的風(fēng)險(xiǎn)與自然妊娠沒(méi)有顯著差異。采用第三代試管嬰兒技術(shù)出生的嬰兒甚至比自然懷孕出生的嬰兒更健康。