二代試管嬰兒轉三代試管胚胎篩查可能會有一定的危害，因為該技術會在胚胎的早期，取出一部分組織細胞進行活檢，有可能會對胚胎造成一定的損傷，對于胚胎后期的發育可能會有一定的影響。因此一定要選擇正規的醫院選擇三代試管胚胎篩查，正規的醫院技術以及設備比較先進，能夠提高檢測結果的準確性。

二代轉三代試管篩查通常比較適合高齡女性、染色體異常、單基因遺傳病、部分多基因遺傳、反復自然流產或種植失敗等人群，不過這么做也存在一定危害，詳細如下：

1、易損傷胚胎

三代試管嬰兒胚胎染色體篩查技術，是將胚胎的細胞組織取下一部分，用于活檢，而活檢對胚胎是有一定的傷害的，可能會導致胚胎著床率降低、發育異常，這也是其最主要的技術缺陷之一。

2、準確性不絕對

第三代試管在排除攜帶已知致病基因胚胎的過程中，由于無法完全保障診斷的百分之百準確性，所以也是有可能會出現染色體異常的。

3、無胚胎移植

三代試管嬰兒的優勢就是篩查胚胎，所以一次可能無法完成，如果培養的受精卵質量不好，等級太低，大概率會出現無健康胚胎可供移植的情況。

二代轉三代試管篩查是可能會折損胚胎的，因為三代試管在做移植之前需要取出部分細胞，技術干預較多，對胚胎本身是有一定傷害的，在之后發育過程中有可能造成發育異常。

不過三代試管嬰兒胚胎檢測的時候，多數采用激光消除透明帶，操作簡單，可任意調節孔洞大小，不直接接觸胚胎，對胚胎發育的影響也比較小，隨著試管嬰兒技術的應用，可以最大程度的減少對胚胎的損傷，并且檢測率可以達到70%左右。