巴比倫和亞述征服了美索不達米亞后，繼承了蘇馬連人的習慣、法律和學說，對于科學和藝術的進步均有極大的貢獻。巴比倫是迦勒底文明的中心，尼尼微在他們的古文獻中已被稱為圣城，這兩地是著名學派的發源地，這些學派在美索不達米亞的政治、社會和商業興盛時代曾有很大發展。

一、巴比倫醫學的發展和宗教崇拜

約在公元前2000年，在幼發拉底河和底格里斯河之間是地中海文明的中心。此時政治軍事穩定，有強大的君主政體，醫學完全掌握在僧侶階級的手中。

巴比倫變成了宗教崇拜的中心，崇拜天、地、水，以這三者為最大權威，另有12個次一級的神。美索不達米亞最古的醫神是月神(Sin)，掌管藥草的生長，因此有些藥不能見日光。植物與神有密切關系，在《馬克魯》陶片集中有多處提到此點，認為植物有消滅惡鬼的能力。這種在月光下采集植物用以制藥及有魔力的春藥的思想，也見于其他古代民族和現代民間醫學中。

認為諸大神能左右人和動物的生命。慈善女神伊絲達(Istar)也是送子娘娘和月下老人。在楔形文字中記有在洪水時，她說她要段滅人類；非她降福則胎死腹內。在閃族的傳說中稱她為Jeledeth，后來在希臘的眾神中稱她為Eileithuia。

在后期，巴比倫的醫學是以魔術符箓來治病。在亞述的醫療兼科學之神納布(Nab)或巴比倫的醫神馬都克(Marduk)的庇護之下教授。符號和吉兇的預言完全支配著生活。馬都克善治百病，并且是魔術師的祖師；在巴比倫的陶片中有大量咒語。這種治病程序與較后期的治療法很相近，表明某些概念由于與本能和存在于下意識的思想牢不可分，所以數世紀來一直沒有改變。

女神埃阿是專門醫神，但是寧朱爾撒格( Ninchursag)女神在醫學神話中也很重要；與她有關系的，還有八個神，每個神能醫一種病。尼努塔( Ninurta)是眾醫神之長，他的妻子叫加拉(Gua)另一位醫神是尼那祖( Ninazu)，為眾醫之王，他的兒子是寧吉施紀達( Ningischzida)。他們的標志是木棍和蛇。叫做薩善( Sachan)的蛇被做為符號，并醇之為醫神。

二、在巴比倫和亞述，醫生的社會地位

在巴比倫和亞述，由一特殊等級擔任行醫，現存的醫生印記可說明此點。在古迪亞王時代的一個印記上，有健康神尼努塔或阿達爾的形象，手持一杯吸術器械，另有兩杯放于兩柱之上，中間有一雙鞭，帶兩塊曲本，附有系杯的皮帶。在這古迪亞的印記上，第二個名字是醫生名第一個是做手術人的名字，此做手術者處于醫生的奴隸地位。

由此可知在那個時候外科醫生就屬于低于醫生的等級并依附于醫生。在同時期的另一印記上，有醫生姓名和他的器械圖。

亞述和巴比倫的醫生常外出會診，遠至埃及，診費很高。雖然希羅多德持不同意見，但確有專門醫師和民間醫生之別；有些醫生免費診治貧民。其中有些最有名的醫生我們知道他們的名字，如奧羅德?納內(Arad Nanai)，他約生活于公元前681-669年。他有多種作品保存下來，包括給國王開的藥方和囑咐信，有一例是關于一位王子患病，一例是對一患嚴重眼炎病人的處方。

三、對疾病的診斷和治療方法

這些醫生既不是魔術師，也不是單純憑經驗治病的。在有關醫學的記述中，提到各種發熱病、中風、肺癆和鼠疫(稱之為matanu，瘟疫)。對精神病已能鑒別，認為是由創傷或魔鬼所致。還記有眼病、耳病、風濕、腫瘤、膿腫、心臟病和皮膚病及各種性病。亞述人認為牙痛由于蟲蝕，與埃及人看法相同，直至罕特時歐洲人仍信仰這種說法。黃病認為是由魔鬼阿砸砸祖所致，“他能使身體發黃，舌發黑。”虛勞由魔鬼阿薩卡所致。

對癥狀的描述極有意思，例如：“如人患腸痛食物必不能存留，自口吐出，胃似穿孔，肌肉消瘦，腸內有風往來移行，大便不通，于是醫生說道……”。所開處方常很詳細。現在尚保存的一個用楔形文字寫在陶片上的醫療摘要，其格式分三部分：第一部分是病名，第二部分是藥名，第三部分是用法。

對于肺結核的癥候，描寫得極為逼真：“病人常常咳嗽，痰稠，有時帶血，呼吸如吹笛，皮膚發涼，兩腳發熱，大量出活，心亂。病極重時常有腹瀉……”。甚至曾注意到病灶傳染。據說亞述巴尼拔王的醫生曾囑令拔去國王的牙齒以治身體他處的病。

在這些文獻中還載有四肢、肌腱疾病和生殖器病等。常用的藥物有各種植物的果實、葉、花、皮和根等：藕、橄欖、月桂、桃金娘、雞尾蘭、大蒜等；動物的各部和各臟器；還有各種礦物如明礬、銅、鐵。

此外還使用多種穢物，此點與其他古代民族相似，大約是利用穢物魘勝魔鬼，使其離開患者身體。制劑也有多種，如丸，散、灌腸等；有各種器械將藥灌入身體。體操療法和按摩法也是常用的。